(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210597655.6 (22)申请日 2022.05.30 (71)申请人 西北农林科技大 学 地址 712100 陕西省西安市杨凌示范区 邰 城路3号 申请人 内蒙古大学 (72)发明人 成功　张孜怡　佟彬　昝林森　 万媛　王晓宇　 (74)专利代理 机构 西安恒泰知识产权代理事务 所 61216 专利代理师 李郑建 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子 标记及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种与秦川牛体尺及肉质性 状相关的SNP分子标记， 位于R3HDM1基因核苷酸 序列(XM 024980895.1)第14外显子的多态性T/C 位点， 即g.62029166T/C位点； 该位点与秦川牛体 斜长、 腰高、 胸深、 背膘厚、 眼肌面积、 眼肌深度性 状显著相关。 可以用于制备检测R3HDM1基因 g.62029166T/C位点基因型试剂盒的应用， 可提 前预测肉牛体尺及肉质性状并用于早期肉用选 种， 加快肉牛遗传进展， 节约生产成本。 同时， 提 供了用于SNP位点检测的试剂盒和操作方法， 可 实现对肉牛群体快速检测并判定个体基因型， 用 于犊牛早期选种留种可加快肉牛肉用选 育进程。 权利要求书2页 说明书7页 序列表1页 附图2页 CN 114921568 A 2022.08.19 CN 114921568 A 1.一种秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记， 其特征在于， 该SNP分子标记位于 R3HDM1基因核苷酸序列(XM  02498089 5.1)第14外显子的多态性T/C位点， 即g.62 029166T/C 位点； 该位点与秦川牛体斜长、 腰高、 胸深、 背膘厚、 眼肌面积、 眼肌深度性状显著相关。 2.如权利要求1所述的与秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记， 其特征在于， 所 述g.6202 9166T/C位点区域序列是： TTTACATCACAGTGGAGGATTCTTATTTTAACTGATGTCTGTGAATCTGTCTCACAGAGAATAAATCCTAAT GTCAATACACATATTACCTTATAA GTACTTTGGA GGTGCTCAATGTACTGCTGATAAGAATCTTTTATTTAA GGAT AATTACAGAAGCCATATGATAAATGCCAA GCCAACATTATGGAAACTAATGTTTGACTGCACAGTTCTAAACA GAT ATTTGTACCTGTTTTTGAAA G[T/C]CTGCCTATGCTTTTGCTGCTTCCA GAACTATCACCTCTTGTCA GAACTGA AATTCCACTGAA GCTGCTGGCTTTGGTTACA GCAGGCTTGAA GTTTCGGA GAGAGCTGTCTGAATCTGTGCTACTC CAGGGCCGTGGTTCA GAGTACTTCAAATCATTCTCA GTGCTGCTTTGATGGCTATTTGTTGATCTTCCTGAA GCAT CTTTATTAACTCTGTA ATTTAGAAATAAAACT。 3.权利要求1或2所述的与秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记， 用于制备检测 R3HDM1基因g.6202 9166T/C位点基因型 试剂盒的应用， 所述试剂盒包 含的引物对为： Primer F： 5’ ‑GGAGGTGCTCAATGTACTGCT ‑3’； Primer R： 5’ ‑CCGAAACTTCAAGCCTGCTG‑3’。 4.如权利要求3所述的应用， 其特征在于， 所述试剂 盒的引物对用于预测肉牛肉质性状 的方法是： 检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T； 其中， g.62029166C>T位点， 在体尺性状方面， TT基因型个体的胸深 显著高于CC基因型个体(P<0.05)， 其他性状在各等位基因之间不存在 显著差异， 但TT基因型个体体斜长、 腰高、 性状也均高于CC、 CT性状； 在肉质性状方面， TT基 因型个体背膘厚显著高于CC基因型个体(P <0.05)， 其他性状在各等位基因之间不存在显著 差异， 但同样在眼肌面积、 眼肌深度性状上高于 CC、 CT基因型个 体。 5.如权利要求3所述的应用， 其特征在于， 所述试剂 盒引物对用于犊牛早期预测地方黄 牛体尺、 肉质性状及选种留种的方法的具体步骤如下： 1)利用试剂盒的引物对检测R3 HDM1基因SNP位 点g.6202 9166C>T的基因型； 2)对检测的基因型进行牛早期选种， 其中g.62029166T/C位点TT基因型胸深、 体斜长、 腰高、 背膘厚、 眼肌面积、 眼肌深度优于CC、 CT基因型个体， 选留g.62029166T/C位点TT基因 型个体留种。 6.如权利要求5所述的应用， 其特 征在于， 具体操作方法包括如下步骤： 第一步： 采集地方黄牛的血液或组织样进行基因组DNA的提取， 利用琼脂糖凝胶电泳检 查DNA的质量； 第二步： 以基因组DNA为模板， 按照试剂盒所提供试剂按照如下体积配置反应体系： PCR 聚合酶： 12.5 μL， pri mer F： 0.6 μL， p rimer R： 0.6 μL， 基因组DNA： 1 μL， 即100ng， 蒸馏水： 10.3 μL； PCR仪扩增并检测R3HDM1基因多态性位点， PCR的反应程序为： 95℃预变性， 3min； 98℃ 变性， 10s； 61℃退火， 5s； 72℃延伸， 5s； 共32个 循环； 72℃延伸， 5mi n； 最后4℃保存； 第三步： 对PCR产物进行DNA测序， 根据测序峰图结果判定g.62029166T/C位点基因型： TT、 CC纯合型或CT杂合型；权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114921568 A 2第四步： 选留g.62029166T/C位点TT基因型犊牛个体， 该黄牛个体在体斜长、 腰高、 胸 深、 背膘厚、 眼肌面积、 眼肌深度等 性状方面具有优势。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114921568 A 3