(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210844848.7 (22)申请日 2022.07.18 (71)申请人 上海市第五人民医院 地址 200240 上海市闵行区鹤庆路801号 (72)发明人 王伟青　 (74)专利代理 机构 上海容慧专利代理事务所 (普通合伙) 31287 专利代理师 于晓菁 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6837(2018.01) G16B 5/00(2019.01) G16B 40/00(2019.01) (54)发明名称 一种肺鳞癌预后预测模型构建方法 (57)摘要 本发明提供了一种肺鳞癌预测模型的构建 方法， 包括如下步骤： (1)数据来源和预处理： 已 知肺癌样本复发预后信息的RNA表达数据进行标 准化处理， 作为训练样本数据集、 验证数据集； (2)显著差异表 达RNA的筛选； (3)基于WGCNA算法 的Co‑methylation甲基化基因筛选， 在训练集样 本中所有被检测得到的基因甲基化水平数据中 进行co‑methylation分析； (4)基于重要甲基化 基因构建预后预测模型。 本发明还提供了检测表 2中基因甲基化RNA的试剂在制备肺鳞癌预后药 物或检测设备中的用途。 权利要求书1页 说明书14页 附图5页 CN 115305286 A 2022.11.08 CN 115305286 A 1.一种检测甲基化RNA 的试剂在制备肺鳞癌预后药物或检测设备中的用途， 其特征在 于， 所述甲基化RNA包括18个， 分别为： 表 2里面的具体 基因。 2.根据权利要求1所述应用， 其特 征在于， 所述检测甲基化RNA的试剂包括引物、 探针。 3.根据权利要求2所述应用， 其特 征在于， 所述探针为测序平台的基因芯片杂交探针。 4.根据权利要求1所述应用， 其特征在于， 所述检测设备包括包含甲基化RNA的基因芯 片、 高通量测序、 sanger测序的检测平台。 5.一种肺鳞癌预后的检测试剂盒， 其特征在于， 包括检测权利要求1所述甲基化RNA 的 试剂。 6.根据权利要求5所述试剂盒， 其特 征在于， 所述试剂选自引物、 探针。 7.根据权利要求6所述试剂盒， 其特征在于， 所述探针为测序平台的基因芯片杂交探 针。 8.一种肺鳞癌预测模型的构建方法， 包括如下步骤： (1)数据来源和预处理： 已知肺癌 样本复发预后信息的RNA表达数据进 行标准化处理， 作为训练样本数据集、 验证数据集； (2) 显著差异表达RNA的筛选； (3)基于WGCNA算法的Co ‑methylation甲基化基因筛选， 在训练集 样本中所有被检测得到的基因甲基化水平数据中进行co ‑methylation分析； (4)基于重要 甲基化基因构建预后预测模型。 9.一种非诊断目的筛选甲基化RNA用于肺鳞癌预后的方法， 其特征在于， 包括如下步 骤： (1)数据来源和预处理： 已知肺癌样本复发预后信息的RNA表达数据进行标准化处理， 作为训练样本数据集、 验证数据集； (2)显著差异表达RNA的筛选； (3)基于WGCNA算法的Co ‑ methylation甲基化基因筛选， 在训练集样本中所有被检测得到的基因甲基化水平数据中 进行co‑methylation分析； (4)基于重要甲基化基因预后模型的构建， 获得显著差异甲基化 RNAs(DMRs)。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115305286 A 2一种肺鳞癌预后预测模型构建 方法 技术领域 [0001]本发明属于生物信息学 领域， 具体涉及一种肺鳞癌预后预测模型构建方法。 背景技术 [0002]肺癌是对人类健康危害最大且最常见的恶性肿瘤之一， 非小细胞肺(non ‑small  cell lung cancer， NSCLC)占肺癌超过80％， 其 中鳞癌(Squamous  Cell Carcinomas， SCC) 与腺癌(Adenocarcinomas， AC)是非小细胞肺癌最主要的病理类型。 在病理分类中， 约20～ 30％左右的患者为SCC， 是第二大肺癌病理亚型， 拥有独立的临床病理特点， 并且治疗手段 有限， 五年和 十年生存率分别为40％和20％左右。 肺鳞癌复发后患者预后较差， 因此， 我们 迫切需求新的具有显著特征 的因子用于临床治疗。 RNA分子水平在肺鳞癌 发生发展过程中 作用的研究给我们提供了新的思路， 其中某些关键分子可能成为治疗肺鳞癌的潜在靶基 因。 [0003]一系列研究已经表明， 肿瘤发生中存在某些肿瘤相关基因(其中包括癌基因和肿 瘤抑制基因)甲基化程度的改变， 并且为肿瘤所特有。 与DNA变异相比， 基因甲基化改变常是 细胞癌变过程中更为早期的事件， 因而它们可以作为肿瘤发生的重要危险因素及早期诊断 的一种分子标志[3]， 通过甲基化化检测对高危人群进行筛查， 可以提高早期诊断的准确 率， 为肿瘤患者赢得宝贵的治疗时间。 此外， 近年来由于分子生物学研究手段的进步， 基于 基因水平的新型预后标志物层出不穷， 此外， lncRNA是一种非编码RNA， 在一些疾病的发生 发展过程中起到重要的调控作用， 作用与参与编码的mRNA同样重要， 并可能作为疾病病情 判断或预测预后的生物标志 物。 [0004]因此， 肺鳞癌预后预测模型构建具有重大意 义。 发明内容 [0005]为了解决上述技术问题， 本发明第一方面提供了一种检测甲基化RNA的试剂在制 备肺鳞癌预后药物或检测设备中的用途， 所述甲基化 RNA包括18个， 分别为： 表2里面的具体 基因。 [0006]在某些实施方式 中， 所述检测甲基化RNA的试剂包括引物、 探针。 [0007]在某些实施方式 中， 所述探针为测序平台的基因芯片杂交探针。 [0008]在某些实施方式中， 所述检测设备包括包含甲基化RNA的基因芯片、 高通量测序、 sanger测序的检测平台。 [0009]本发明第二方面提供了一种肺鳞癌预后的检测试剂盒， 包括检测权利要求1所述 甲基化RNA的试剂。 [0010]在某些实施方式 中， 所述试剂选自引物、 探针。 [0011]在某些实施方式 中， 所述探针为测序平台的基因芯片杂交探针。 [0012]本发明第三方面提供了一种肺鳞癌预测模型的构建方法， 包括如下步骤： (1)数据 来源和预 处理： 已知肺癌 样本复发预后信息的RNA表达数据进 行标准化处理， 作为训练样本说　明　书 1/14 页 3 CN 115305286 A 3