(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210650581.8 (22)申请日 2022.06.09 (71)申请人 广西壮族自治区农业科 学院 地址 530003 广西壮 族自治区南宁市大 学 东路174号 (72)发明人 韦敏益　马增凤　秦钢　黄大辉　 张月雄　刘驰　卢颖萍　罗同平　 李振经　 (74)专利代理 机构 北京鑫瑞森知识产权代理有 限公司 1 1961 专利代理师 王立普 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6809(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位 点qBLS4.1的I nDel分子标记及其应用 (57)摘要 本发明提供了一种辅助选择水稻抗细菌性 条斑病基因位点qBLS4.1的InDel分子标记及其 应用， 属于分子标记技术领域。 本发明通过QTL ‑ Seq鉴定了与水稻抗细菌性条斑病相关的区域， 然后开发新的InDel分子标记精细定位， 获得位 于分子标记C4MJ1和C4MJ3之间的抗细菌性条斑 病基因位点qBLS4.1， 分子标记 C4MJ1和C4MJ3， 存 在位点qBLS4.1时扩增条带分别为217bp和 313bp。 使用本发明设计的InDel 分子标记对水稻 植株基因组进行扩增， 通过电泳图便可检测植株 是否含有抗水稻细菌性条斑病基因位点， 可以预 测其细菌性条斑病的抗性水平， 可大大提高抗病 水稻选育的育种效率。 权利要求书1页 说明书7页 序列表1页 附图5页 CN 114875167 A 2022.08.09 CN 114875167 A 1.一种用于检测水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的特异性引物 组合， 其特征在于， 具 体序列如SEQ  ID No.1～SEQ ID No.2所示或如SEQ  ID No.3～SEQ ID No.4所示。 2.一种用于检测水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的分子标记， 其特征在于， 所述分子 标记为C4MJ1或C4MJ3； 所述分子标记C4MJ1的引物序列如SEQ  ID No.1～2所示； 所述 分子标 记C4MJ3的引物序列如SEQ  ID No.3～4所示。 3.一种含有权利要求1所述的引物组合的试剂盒。 4.权利要求1所述的引物组合或权利要求2所述的分子标记或权利要求3所述的试剂 盒 在水稻育种中的应用。 5.权利要求1所述的引物组合或权利要求2所述的分子标记或权利要求3所述的试剂 盒 在快速筛选抗细菌性条斑病品种或者品系中的应用。 6.一种水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的分子标记方法， 其特征在于， 用分子标记 C4MJ1引物或分子标记C4MJ3引物扩增水稻品种或育种材料DNA， 如果用分子标记C4MJ1引物 能够扩增出217bp扩增片段或用分子标记C4MJ3引物能够扩增出313bp扩增片段， 则标志着 水稻品种或育种材料中存在抗细菌性条斑病位点qBLS4.1； 所述分子标记C4MJ1的引物序列 如SEQ ID No.1～2所示； 所述分子标记C4MJ3的引物序列如SEQ  ID No.3～4所示。 7.一种权利要求2所述的分子标记的筛 选方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： (1)以抗病材料广西普通野生稻WP1为父本， 感病材料9311为母本， 杂交获得F1， 收获F1 代种子后多代自交， 构建了一套水稻F8:9分离群体； (2)对两个亲本及其 衍生的F8:9群体进行细菌性条斑病的人工 接种抗性鉴定； (3)在F8:9群体中选取极抗和极感样本， 提取DNA， 利用QTL ‑Seq技术对水稻抗细菌性条 斑病基因进行基因定位； (4)在初定位区间， 开发InDel分子标记， 利用遗传连锁分析技术， 结合分子标记带型及 抗性表型数据， 将目标基因限定在两个分子标记C4MJ 1和C4MJ3之间； (5)获得抗细菌性条斑病位点qBLS4.1一个， 使用所述分子标记C4MJ1和C4MJ3来检测抗 性材料WP1衍生的品种(系)中是否含有该主基因位 点， 预测其细菌性条斑病抗 性水平。 8.如权利要求7所述的筛选方法， 其特征在于， 所述步骤(3)中基因定位于第4染色体 上。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114875167 A 2一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1的InDel 分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于分子标记技术领域， 尤其涉及 一种辅助 选择水稻抗细菌性条斑病基 因 位点qBLS4.1的I nDel分子标记及其应用。 背景技术 [0002]细菌性条斑病(Bacterial  leaf streak(BLS)， 简称细条病)是仅次于稻瘟病、 纹 枯病和白叶枯病的水稻第四大病害， 是我国植物检疫的重要对 象之一。 该病由稻黄单胞菌 稻生致病变种(Xanthomonas  oryzae pv.oryzicola， XOC)引起， 是我国南部稻作区及东南 亚稻区的重要病害， 会造成水稻产量损失， 病情严重时高达20％ ‑60％。 发掘和 研究新的水 稻抗细条病基因， 丰富优良抗病基因资源， 对水稻抗细条病调控基因研究及分子育种乃至 细条病的防治至关重要。 [0003]随着人们的关注， 近年来抗细条病基因定位与克隆取得了一定进展， 但相关研究 依旧较少， 水稻抗细条病分子育种任重道远。 随着水稻细条病近年来的日益严重， 对细条病 的抗性基因研究急需加强， 以应对细条病可能的大发生和流行。 发明内容 [0004]为了解决上述技术问题， 本发明提供了一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位 点qBLS4.1的InDel分子标记及其应用。 本发明利用QTL ‑Seq技术初步鉴定与水稻细菌性条 斑病抗性相关的候选区域， 然后利用全基因组重测序数据开发的InDel分子标记对其进行 标记分析， 结合表型数据， 获得抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1， 其位于InDel分子标记 C4MJ1和C4MJ3之间， 分子标记  C4MJ1引物， 存在位点qBLS4.1时扩增条带为217bp条带； 分子 标记C4MJ3  引物， 存在位点qBLS4.1时扩增条带为313bp条带。 使用本发明设计的InDel  分 子标记对水稻植株基因组进行扩增， 通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图判断检测植株是否含 有抗水稻细菌性条斑病基因位点， 可以预测其水稻细菌性条斑病的抗性水平， 可大大提高 抗病水稻选 育的育种效率。 [0005]为了实现上述目的， 本发明采用了以下技 术方案： [0006]本发明提供了一种用 于检测水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的特异性引物组 合， 具体序列如SEQ  ID No.1～SEQ ID No.2所示或如SEQ  ID No.3～SEQ ID No.4所示。 [0007]本发明还提供了一种用于检测水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的分子标记， 所 述分子标记为C4MJ1或C4MJ3； 所述 分子标记C4MJ1的引物序列如SEQ ID  No.1～2所示； 所述 分子标记C4MJ3的引物序列如SEQ  ID No.3～4所示。 [0008]本发明还提供了一种含有所述引物组合的试剂盒。 [0009]本发明还提供了一种所述引物组合或所述分子标记或所述试剂盒在水稻育种中 的应用。 [0010]本发明还提供了一种所述引物组合或所述分子标记或所述试剂盒在快速筛选抗说　明　书 1/7 页 3 CN 114875167 A 3