(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210668135.X (22)申请日 2022.06.14 (71)申请人 中国农业科 学院郑州果 树研究所 地址 450009 河南省郑州市管城回族区未 来路南端郑州果 树研究所 (72)发明人 朱迎春　袁高鹏　孙德玺　刘君璞　 王一帆　安国林　李卫华　 (74)专利代理 机构 郑州大通专利商标代理有限 公司 41111 专利代理师 蔡少华 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与西瓜叶片黄化性状相关的基因位点及基 于该基因位 点开发的分子标记、 引物对和应用 (57)摘要 本发明属于分子标记 技术领域， 公开了一种 与西瓜叶片黄化性状相关的InDel基因位点， 所 述InDel基因位点有5个， 分别为InDel ‑6010、 InDel‑6030、 InDel ‑6040、 InDel ‑6050和InDel ‑ 6060； 西瓜叶片黄化纯合单株表现为InDel基因 序列的缺失。 本发明开发的InDel 分子标记， 可以 用来对品种进行初期筛选， 检测方法正确可靠， 达到分子标记辅助育种的目的， 能够大大缩短育 种周期， 具有重要的理论及实 践意义。 权利要求书1页 说明书7页 序列表5页 附图2页 CN 115058535 A 2022.09.16 CN 115058535 A 1.与西瓜叶片黄化性状相关的InDel基因位点， 其特征在于， 所述InDel基因位点有5 个， 分别为 InDel‑6010、 InDel‑6030、 InDel‑6040、 InDel‑6050和InDel‑6060； 所述InDel ‑6010基因位点位于西瓜参考基因组97103V2版本的第2号染色体第 14376440 ‑14376782bp位碱基处， InDel ‑6010基因序列长度为343bp， 西瓜叶片黄化纯合单 株表现为 InDel‑6010基因序列的缺失； 所述InDel ‑6030基因位点位于西瓜参考基因组97103V2版本的第2号染色体第 14494608 ‑14497114bp位碱基处， InDel ‑6030基因序列长度为250 7bp， 西瓜叶片黄化纯合单 株表现为 InDel‑6030基因序列的缺失； 所述InDel ‑6040基因位点位于西瓜参考基因组97103V2版本的第2号染色体第 14549766 ‑14550425bp位碱基处， InDel ‑6040基因序列长度为660bp， 西瓜叶片黄化纯合单 株表现为 InDel‑6040基因序列的缺失； 所述InDel ‑6050基因位点位于西瓜参考基因组97103V2版本的第2号染色体第 14550627 ‑14551935bp位碱基处， InDel ‑6050基因序列长度为1309bp， 西瓜叶片黄化纯合单 株表现为 InDel‑6050基因序列的缺失； 所述InDel ‑6060基因位点位于西瓜参考基因组97103V2版本的第2号染色体第 14670694‑14671707bp位碱基处， InDel ‑6060基因序列长度为1014bp， 西瓜叶片黄化纯合单 株表现为 InDel‑6060基因序列的缺失。 2.基于权利要求1所述的InDel基因位点开发的InDel分子标记的引物对， 其特征在于， 所述InDel分子标记为InDel ‑6010分子标记、 InDel ‑6030分子标记、 InDel ‑6040分子标记、 InDel‑6050分子标记和InDel ‑6060分子标记， 扩增所述InDel ‑6010分子标记的引物对的正 向引物序列如SEQ  ID NO.2所示、 反 向引物序列如SEQ  ID NO.3所示； 扩增所述InDel ‑6030 分子标记的引物对的正向引物序列如SEQ  ID NO.5所示、 反向引物序列如SEQ  ID NO.6所 示； 扩增所述InDel ‑6040分子标记的引物对的正向引物序列如SEQ  ID NO.8所示、 反向引物 序列如SEQ  ID NO.9所示； 扩增所述InDel ‑6050分子标记的引物对 的正向引物序列如SEQ   ID NO.11所示、 反 向引物序列如SEQ  ID NO.12所示； 扩增所述InDel ‑6060分子标记的引物 对的正向引物序列如SEQ  ID NO.14所示、 反向引物序列如SEQ  ID NO.15所示。 3.权利要求2所述的引物对在鉴定西瓜叶片颜色是否 黄化中的应用。 4.权利要求2所述的引物对在西瓜叶片颜色是否 黄化的分子标记辅助育种中的应用。 5.利用权利要求2所述的引物对鉴定西瓜叶片颜色是否黄化的方法， 其特征在于， 包括 以下步骤： 提取待测西瓜样 品的基因组DNA； 利用引物对对西瓜基因组DNA进行PCR扩增； 根 据PCR扩增产物的电泳条带判断西瓜叶片黄化性状的等位基因型， 若无条带则该西瓜为黄 化纯合单株， 若 有一个条 带则该西瓜为 正常绿纯合单株或正常绿杂合单株。 6.含有扩增与西瓜叶片黄化 性状相关的I nDel分子标记的引物对的试剂盒。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115058535 A 2与西瓜叶片黄化性状相关的基因位点 及基于该基因位点 开发 的分子标记、 引物对和应用 技术领域 [0001]本发明属于分子标记技术领域， 涉及一种与西瓜叶片黄化性状相关的基 因位点及 基于该基因位 点开发的分子标记、 引物对和应用。 背景技术 [0002]作为一种重要的葫芦科作物， 西 瓜(Citrulluslanatus)是人们夏季消暑解渴的重 要水果， 在世界园艺作物中占有非常重要的地位。 中国作为世界上西瓜生产和消费第一大 国， 在生产栽培中， 叶片颜色常常会发生变突变， 表现出白化、 黄绿、 延迟变绿、 斑驳、 斑点等 表型。 叶色突变体是研究光合作用、 叶绿素合 成以及叶绿体发育的理想材料， 同时也是遗传 和育种中重要的研究材 料。 [0003]在传统的选择育种中， 因为难以确定后代的基因型， 选择的依据通常是植物的表 现型而不是基因型， 选择时间较长， 且表现型易受环境因素的影响， 导致选择的不准确和效 率较低。 分子标记辅助育种以与目标性状紧密连锁分子标记为工具对目标性状进行筛选， 通过分子标记以基因型进行种质资源的筛选， 具有准确、 快速、 不受环境条件干扰的优点， 避免了传统育种过程中性状选择的盲目性， 提高了育种效率。 InDel标记是对扩增产 物进行 分析的一种分子标记， 具有高通量、 简单、 稳定、 灵敏度高等特定， 是目前分子标记辅助育种 工作中极具发展前 景的分子标记。 [0004]西瓜叶片黄化性状是目前发现的苗期鉴定西瓜杂交种子纯度最理想的标记性状。 西瓜叶片黄化性状植株叶片全生育期均为黄化叶片， 而正常绿植株叶片全生育期均为绿 色。 因此， 黄化与一般正常绿幼苗或植株有明显的区别， 最早鉴别期在子叶出土， 时间在播 种后5‑8d。 通过鉴定黄化基因， 开 发其紧密连锁的分子标记进 行品种初期 筛选， 达到 分子辅 助育种的目的， 可 大大缩短育种的周期， 提高育种效率。 [0005]西瓜叶片黄化性状在苗期即能准确鉴定杂种， 具有准确、 直观、 简便、 快速、 低耗等 优点。 但该性状是隐性的， 杂交一代不表现， 给选育工作带来了很大难度。 叶色是西瓜重要 的农艺性状， 与西瓜植株的光合作用能力息息相关， 因此急需深入开展西瓜叶色研究， 开 发 可用于西瓜育种的分子标记， 以缩短育种进程 提高育种效率。 发明内容 [0006]本发明的目的在于提供一种与西瓜叶片黄化性状相关的基因位点及基于该基因 位点开发的分子标记、 引物对和应用， 可以用来对西 瓜品种进 行初期筛选， 检测方法正确可 靠， 能够大 大缩短育种周期。 [0007]为实现上述目的， 本发明采用以下技 术方案： 本发明提供一种与西瓜叶片黄化性状相关的InDel基因位点， 所述InDel基因位点 有5个， 分别为 InDel‑6010、 InDel‑6030、 InDel‑6040、 InDel‑6050和InDel‑6060； 所述InDel ‑6010基因位点位于西瓜参考基因组97103V2版本的第2号染色体第说　明　书 1/7 页 3 CN 115058535 A 3