(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202211147291.8 (22)申请日 2022.09.19 (71)申请人 北京金匙医学检验实验室有限公司 地址 100071 北京市丰台区右安门外东滨 河路2号3号楼1层1 10室 申请人 天津金匙医学 科技有限公司 　 金匙智造 （天津） 医疗科技有限公司 (72)发明人 袁利娟　韩朋　饶冠华　贾雪峰　 蒋智　 (74)专利代理 机构 天津兆谦源专利代理事务所 (普通合伙) 12265 专利代理师 许黛君 (51)Int.Cl. C12Q 1/689(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01)C12N 15/11(2006.01) C12R 1/22(2006.01) (54)发明名称 用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药敏表型 的特征基因组合、 试剂盒及测序方法 (57)摘要 本发明公开了一种用于预测肺炎克雷伯菌 对抗生素药敏表型的特征基因组合、 试剂盒及测 序方法， 通过检测特征组合中的基因的存在与否 判断肺炎克雷伯菌对环丙沙星和左氧氟沙星药 敏表型。 本发 明提供的特征 组合预测药敏表型的 准确率高， 有利于临床开展对肺炎克雷伯菌相关 感染的精准治 疗。 权利要求书1页 说明书10页 附图3页 CN 115418406 A 2022.12.02 CN 115418406 A 1.一种用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药敏表型的特征基因组合， 其特征在于， 抗生 素为环丙沙星和左氧氟沙星中的一种或两种组合， 预测肺炎克雷伯菌对环丙沙星药敏表型的特征基因突变位点和特征基因组合包括 gyrA:248(C ‑>T)、 gyrA:2479(A ‑>G)、 gyrA:248(C ‑>A)、 gyrA:259(G ‑>T)、 gyrA:260(A ‑>G)、 gyrA:259(G ‑>A)、 ramR:415(AAAGAGATAT)、 par C:239(G‑>T)、 QnrB1、 QnrB17， 同时进行检测， 若检测结果均为阴性， 推测为敏感； 若任一基因检测结果 为阳性， 推测为耐药； 和/或 预测肺炎克雷伯菌对左氧氟沙星药敏表型的特征基因突变位点和特征基因组合包括 ramR:319(C ‑>T)、 ramR:7(C ‑>A)、 gyrB:1401(A ‑>C)、 parE:1375(T ‑>A)、 gyrA:260(A ‑>C)、 gyrA:248(C ‑>T)、 gyrA:248(C ‑>A)、 gyrA:259(G ‑>A)、 gyrA:260(A ‑>G)、 gyrA:259(G ‑>T)， 同 时进行检测， 若检测结果均为阴性， 推测为敏感； 若任一基因检测结果 为阳性， 推测为耐药。 2.根据权利要求1所述用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药敏表型的特征基因组合， 其 特征在于， 所述预测肺炎克雷伯菌对环丙沙星药敏表型的特征基因突变位点和特征基因组 合还包括ramR:175(T ‑>C)、 ramR:7(C ‑>A)、 ramR:319(C ‑>T)、 gyrB:1401(A ‑>C)、 QnrS1、 QnrB4、 QnrB20。 3.根据权利要求1所述用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药敏表型的特征基因组合， 其 特征在于， 所述预测肺炎克雷伯菌对左氧氟沙星 药敏表型的特征基因突变位点和特征基因 组合还包 括ramR:415(AAAGAGATAT)、 par C:239(G‑>T)、 gyrB:1394(C ‑>T)、 parE:619(G‑>A)、 QnrB4。 4.含有权利要求书1 ‑3任一项所述用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药敏表型的特征基 因组合检测试剂的试剂盒。 5.采用权利要求4所述试剂 盒对肺炎克雷伯菌进行药敏表型的测序方法， 其特征在于， 采用全基因 组测序方法或宏基因 组测序方法。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115418406 A 2用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药 敏表型的特征基因组合、 试剂盒及测序方 法 技术领域 [0001]本发明涉及基因测序技术， 具体说， 是一种用于预测肺炎克雷伯菌对抗生素药敏 表型的特 征基因组合、 试剂盒及测序方法。 背景技术 [0002]肺炎克雷伯菌是临床常见条件致病菌之一， 可引起尿路感染、 呼吸道感染、 心内膜 炎、 脑膜炎和败血症等。 在临床治疗中， 喹诺酮类抗生素 由于其抗菌活性强、 使用方便等优 势被广泛使用， 如环丙沙星、 左氧氟沙星等。 同时， 细菌对此类药物的耐药性也成蔓延 趋势， 耐药细菌种类不断增多， 耐药程度也趋加重。 临床精准治疗需根据药敏检测结果和耐药基 因表型检测结果选用抗菌药物。 因此， 建立准确、 快速的检测方法对肺炎克雷伯菌进 行耐药 表型预测， 对指导临床治疗十分重要。 [0003]肺炎克雷伯菌对环丙沙星和左氧氟沙星产生耐药主要通过靶位结构基因突变、 获 得可转移的耐药基因、 主动外排等机制介导。 目前多项研究已经证实耐喹诺酮类抗菌药物 的主要耐药基因有 QnrB， 主要突变基因有gyrA、 parC、 gyrB、 parE  4种， 但不同基因及基因变 异类型对不同抗菌药物的耐药性存在差异。 [0004]目前针对肺炎克雷伯菌耐药性检测的方法可分为表型检测和基因型检测。 在表型 检测方面， 临床的主要方法是微生物培养+药敏实验， 该方法存在培养时间长， 培养阳性率 低等局限性， 而无法完全满足临床精 准治疗的需求。 在基因检测方面， 主要是针对特定耐药 基因进行检测， 但该检测内容较单一， 并不能反应真实的药敏结果。 因此急需寻找一种快 速， 不依赖 于培养且一次全面检测临床常用抗 生素药敏表型的方法以指导临床精准治疗。 发明内容 [0005]本发明所要解决的技术问题是， 提供一种用于筛选肺炎克雷伯菌对两种常用的喹 诺酮类抗生素(环丙沙星和左氧氟沙星)药敏表型的特征基因组合、 试剂盒及用途， 可一次 性分析左氧氟沙星和环丙沙星2种抗 生素耐药情况， 具有较好的敏感性和特异性。 [0006]为了解决上述技术问题， 本发明采用的技术方案是： 一种用于预测肺炎克雷伯菌 对抗生素药敏表型的特征基因组合， 抗生素为环丙沙星和左氧氟沙星中的一种或两种组 合， [0007]预测肺炎克雷伯菌对环丙沙星药敏表型的特征基因突变位点和特征基因组合包 括gyrA:248(C ‑>T)、 gyrA:2479(A ‑>G)、 gyrA:248(C ‑>A)、 gyrA:259(G ‑>T)、 gyrA:260(A ‑> G)、 gyrA:259(G ‑>A)、 ramR:415(AAAGAGATAT)、 par C:239(G‑>T)、 QnrB1、 QnrB17， 同时进行检 测， 若检测结果均为阴性， 推测为敏感； 若任一基因检测结果 为阳性， 推测为耐药； 和/或 [0008]预测肺炎克雷伯菌对左氧氟沙星药敏表型的特征基因突变位点和特征基因组合 包括ramR:319(C ‑>T)、 ramR:7(C ‑>A)、 gyrB:1401(A ‑>C)、 parE:1375(T ‑>A)、 gyrA:260(A ‑> C)、 gyrA:248(C ‑>T)、 gyrA:248(C ‑>A)、 gyrA:259(G ‑>A)、 gyrA:260(A ‑>G)、 gyrA:259(G ‑>说　明　书 1/10 页 3 CN 115418406 A 3