(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210680831.2 (22)申请日 2022.06.15 (71)申请人 江苏里下河地区农业科 学研究所 地址 225000 江苏省扬州市扬子江北路5 68 号 (72)发明人 胡文静　朱冬梅　蒋正宁　王慧　 刘健　王君婵　刘大同　陆成彬　 吴宏亚　高德荣　张勇　张春梅　 程晓明　赵蝶　 (74)专利代理 机构 南京源点知识产权代理有限 公司 32545 专利代理师 王佳妹 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 筛选矮秆密小穗抗赤霉病小麦的KASP引物 组及其应用 (57)摘要 本发明公开了筛选矮秆密小穗抗赤霉病小 麦的KASP引物组及其应用。 本发明利用Wh eat55K 小麦高通量基因芯片获取基因型数据， 在2D和5A 染色体上检测到来源于扬麦11的2个与株高、 小 穗着生密度和赤霉病抗性相关的QT L区域Q.2D和 Q.5A， 其紧密连锁标记是AX110519154(2D)和 AX111618105(5A)， 并据此开发了2个 KASP标记引 物组。 通过 实验证明本发明所述KASP分子标记可 用于小麦株高、 小穗着生密度和赤霉病抗性的分 子标记辅助选择育种。 本发明为株高、 小穗着生 密度和赤霉病抗性相关的两个QTL区域Q.2D和 Q.5A在育种中有效利用提供了良好工具。 权利要求书3页 说明书18页 序列表2页 附图1页 CN 114959100 A 2022.08.30 CN 114959100 A 1.一种检测小麦矮秆密小穗抗赤霉病的物质， 其特征在于， 所述物质为用于检测小麦 基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示的分子标记的第36位脱 氧核糖核苷酸是GG、 还是AA、 还是G和A的成套引物X1， 和用于检测小麦基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示的分子标 记的第36位脱氧核糖核苷酸是TT、 还是CC、 还是T和C的成套引物X2的引物组合或含有所述 引物组合的检测试剂或试剂盒。 2.根据权利要求1所述的物质， 其特 征在于， 所述成套引物X1中含有一条 上游引物和两条 下游引物； 所述上游引物根据所述小麦基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示序列的第 36位脱氧 核糖核苷酸及其上游序列进行设计； 所述下游引物根据所述小麦基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示序列的第 36位脱氧 核糖核苷 酸的下游序列进 行设计， 且一条所述下游引物的3 ’末端脱氧核糖核苷 酸为T， 另一 条所述下游引物的3 ’末端脱氧核糖核苷酸 为C。 3.根据权利要求2所述的物质， 其特征在于， 所述成套引 物X1由SEQ  ID No.1所示的单 链DNA分子、 SEQ  ID No.2的第22 ‑41位所示的单链DNA分子或其衍生物、 SEQ  ID No.3的第 22‑41位所示的单链DNA分子或其衍生物组成； 其中， 所述SEQ  ID No.2的第22 ‑41位所示的 单链DNA分子的衍生物为SEQ  ID No.2的第22 ‑41位所示的单链DNA分子的5'端连接特异荧 光标签序列A； 所述SEQ  ID No.3的第22 ‑41位所示的单链DNA分子的衍生物为SEQ  ID No.3 的第22‑41位所示的单链DNA分子的5'端连接特异荧 光标签序列B。 4.根据权利要求1所述的物质， 其特 征在于， 所述成套引物X2中含有两条 上游引物和一条 下游引物； 所述上游引物根据所述小麦基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示序列的第 36位脱氧 核糖核苷 酸及其上游序列进 行设计， 且一条所述上游引物的3 ’末端脱氧核糖核苷酸为T， 另 一条所述上游引物的3 ’末端脱氧核糖核苷酸 为C； 所述下游引物根据所述小麦基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示序列的第 36位脱氧 核糖核苷酸的下游序列进行设计。 5.根据权利要求4所述的物质， 其特征在于， 所述成套引物X2由SEQ  IDNo.5的第22 ‑41 位所示的单链DNA分子或其衍生物、 SEQ  ID No.6的第22 ‑41位所示的单链DNA分子或其衍生 物、 SEQ ID No.7所示的单链DNA分子组成； 其中， 所述SEQ  ID No.5的第22 ‑41位所示的单链 DNA分子的衍生物为SEQ  ID No.5的第22 ‑41位所示的单链DNA分子的5'端连接特异荧光标 签序列A； 所述SEQ  ID No.6的第22 ‑41位所示的单链DNA分子的衍生物为SEQ  ID No.6的第 22‑41位所示的单链DNA分子的5'端连接特异荧 光标签序列B。 6.根据权利要求3或5所述的物质， 其特征在于， 所述特异荧光标签序列A为荧光标签序 列FAM， 所述特异荧 光标签序列B为 荧光标签序列H EX。 7.根据权利要求6所述的物质， 其特征在于， 所述成套引物X1由所述上游引物序列SEQ   ID No.1及所述下游引物的序列SEQ  ID No.2、 SEQ  ID No.3组成； 所述成套引物X2由所述上 游引物序列SEQ  ID No.5、 SEQ ID No.6及所述下游引物的序列SEQ  ID No.7组成。 8.权利要求1 ‑7任一项所述的物质在 如下任一中的应用： (A)鉴定或辅助鉴定小麦矮 秆密小穗 抗赤霉病性状； (B)比较待测小麦株高 高低、 小穗着生密度高低和赤霉病抗 性强弱；权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 114959100 A 2(C)选育或筛选株高较低、 小穗着生密度高、 赤霉病抗性相对较强的小麦单株或株系或 品系或品种； (D)选育或筛选株高较高、 小穗着生密度低、 赤霉病抗性相对较弱的小麦单株或株系或 品系或品种； (E)制备用于鉴定或辅助鉴定或比较株高高低、 小穗着生密度高低和赤霉病抗性强弱 的产品； (F)制备用于选育或筛选株高较低、 小穗着生密度高、 赤霉病抗性相对较强的小麦单株 或株系或品系或品种的产品； (G)制备用于选育或筛选株高较高、 小穗着生密度低、 赤霉病抗性相对较弱的小麦单株 或株系或品系或品种的产品。 9.如下任一方法： 方法A： 一种比较待测小麦矮秆密小穗抗赤霉病性状的方法， 包括如下步骤(A1)或 (A2)： (A1)检测小麦基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示分子标记的第36位基因型是AA还 是GG还是AG， 同时检测 小麦基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示分子标记的第36位基因 型是CC还是TT还是CT； (A2)按照如下确定所述待测小麦矮秆密小穗抗赤霉病性状： 基因组中染色体2D上SEQ   ID No.4所示分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸是GG且基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8 所示分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸是TT的纯合体， 所述待测小麦具有矮秆密 小穗抗赤 霉病性状； 方法B： 一种选育或筛选株高较低、 小穗着生密度高、 赤霉病抗性相对较强的小麦单株 或株系或品系或品种的方法， 包括如下步骤： (B1)检测小麦基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示分子标记的第36位基因型是AA还 是GG还是AG， 同时检测 小麦基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示分子标记的第36位基因 型是CC还是TT还是CT； (B2)选择基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示的分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸 是G且基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示的分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸是T的纯 合体的待测小麦作为亲本进行选育， 并在育种各世代选择基因组中染色体2D上SEQ  ID  No.4所示的分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸是G且基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所 示的分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸是T的纯合体的小麦， 最 终获得株高较低、 小穗着生 密度高、 赤霉病抗 性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种； 方法C： 一种选育或筛选株高较高、 小穗着生密度低、 赤霉病抗性相对较弱的小麦单株 或株系或品系或品种的方法， 包括如下步骤： (C1)检测小麦基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示分子标记的第36位基因型是AA还 是GG还是AG， 同时检测 小麦基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示分子标记的第36位基因 型是CC还是TT还是CT； (C2)选择基因组中染色体2D上SEQ  ID No.4所示的分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸 是A且基因组中染色体5A上SEQ  ID No.8所示的分子标记的第36位脱氧核糖核苷酸是C的纯 合体的待测小麦作为亲本进行选育， 并在育种各世代选择基因组中染色体2D上SEQ  ID 权　利　要　求　书 2/3 页 3 CN 114959100 A 3