(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210941019.0 (22)申请日 2022.08.05 (71)申请人 中国医学 科学院肿瘤医院 地址 100021 北京市朝阳区潘家园南里17 号 (72)发明人 刘芝华　赵丫卉　焦宇辰　崔永萍　 詹启敏　 (74)专利代理 机构 中科专利商标代理有限责任 公司 11021 专利代理师 张莹 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G01N 33/574(2006.01) G01N 33/68(2006.01) (54)发明名称 食管鳞癌的分子分型诊断标记及应用 (57)摘要 本发明涉及食管鳞癌的分子诊断标记及应 用。 本发明提供一组用于食管鳞癌分子分型的基 因， 其中包括： CCND1、 CDKN2A/B、 NFE2L2、 SOX2和 ERBB2(HER2)。 本发明还提供包含检测所述基因 试剂的用于食管鳞癌分子分型检测试剂盒以及 相关应用。 本发 明由此提出了食 管鳞癌分子分型 系统， 为食 管鳞癌的临床精确诊断和精准靶向治 疗提供了可靠依据。 权利要求书1页 说明书11页 附图5页 CN 115232877 A 2022.10.25 CN 115232877 A 1.一组用于食管鳞癌分子分型的基 因， 其中包括： CCND1、 CDKN2A、 CD KN2B、 NFE2L2、 SOX2 和ERBB2(HER2)。 2.根据权利要求1所述的基因， 其中进一步包括下述一种或多种基因： CTTN、 ANO1、 ORAOV1； KEAP1、 CUL3 。 3.根据权利要求1或2所述 的基因， 其中包括下述基因组合： 1)CCND1、 CDKN2A、 CDKN2B、 CTTN、 ANO1和ORAOV1； 2)NFE2L2、 KEAP1、 CUL3、 SOX2； 以及3)ERB B2(HER2)。 4.一种食管鳞癌分子分型检测试剂盒， 其中所述试剂盒包含检测权利要求1 ‑3任一项 所述的基因或该基因编码的蛋白的试剂。 5.根据权利要求 4所述的试剂盒， 其中所述试剂包 含检测所述基因的引物或探针。 6.根据权利要求4或5所述的试剂盒， 其中所述试剂包含检测该基因编码的蛋白的抗 体。 7.根据权利要求6所述的试剂盒， 其中所述 抗体包含多克隆抗体或单 克隆抗体。 8.根据权利要求4 ‑7任一项所述的试剂 盒， 其中进一步包含检测免疫浸润细胞和/或肿 瘤突变负荷的试剂。 9.根据权利要求1 ‑3任一项所述的基因或其编码的蛋白在制备食管鳞癌分子分型检测 试剂盒和/或食管鳞癌个 体化治疗试剂盒中的应用。 10.根据权利要求9所述的应用， 其中所述的基因或其编码的蛋白用于下述食管鳞癌分 子分型： 1)C1， 细胞周期激活亚型， 其中包括CCND1和CDKN2A、 CDKN2B的拷贝数变异， CCDN1表达 上调， CDKN2 A、 CDKN2B表达下调； 2)C2， NRF2信号通路激活亚型， 其中包括NFE2L2、 KEAP1、 CUL3基因突变， SOX2的拷贝数 变异， NFE2L2和SOX2基因的上调表达， KEAP1表达下调； 3)C3， 免疫抑制亚型， 其中包括ERB B2(HER2)蛋白高表达； 4)C4， 免疫调节亚型， 其中包括ERB B2(HER2)蛋白低表达， TMB高。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115232877 A 2食管鳞癌的分子分型诊断标记及应用 技术领域 [0001]本发明涉及疾病的分子诊断标记及应用。 具体而言， 本发明涉及食管癌如食管鳞 癌分子诊断标记、 潜在的治疗 靶点以及相关诊断和治疗用途。 背景技术 [0002]食管鳞癌(Esophageal  squamous  cell carcinoma， ESCC)是目前最常见、 致死率 最高的肿瘤之一。 虽然VEGFR ‑2拮抗剂已经被批准用于食管鳞癌治疗[1]， PD ‑1/PD‑L1免疫 治疗也在部 分病例中取得了较好效果[2]， 但是两种方法都存在较大异质性， 对食 管鳞癌而 言， 目前仍然缺少有效的分子治疗靶点或分子分型机制， 食管鳞癌的治疗仍以传统的放疗 和化疗为主。 而其他常见 的肿瘤如乳腺癌和肺癌， 都从分子大数据挖掘中发现了新型 的治 疗靶点及更好的早筛和诊断的生物标志 物[3‑5]。 [0003]目前针对食管鳞癌的分型主要基于病理学和单组学数据。 Arnold等人曾分析了 398000例食管鳞癌和52000例食管腺癌数据， 基于病理学特征而非分子特征对食管癌进行 过分型[6 ]。 近年来报道了多项针对基因组学数据对食 管鳞癌进行分子 分型的研究[7 ‑10]， 和一项小规模(10例 食管鳞癌患者)的针对表观修饰组的研究[11]。 然而， 上述研 究均局限 于食管鳞癌单一队列中的单组学分析， 基于多组学数据的分子特征差异分析和分子 分型系 统的研究则没有报道。 发明内容 [0004]由于肿瘤发病机制复杂， 即使同一肿瘤类型不同患者之间， 甚至同一患者不 同患 病阶段， 在组织病理学和分子生物学特征上都存在高度异质性。 基于多组学数据对肿瘤进 行分子分型， 有利于实现癌症的精准治疗。 [0005]因此， 为推动食管鳞癌精准治疗领域的发展， 本发明建立了针对食管鳞癌患者尤 其是中国食管鳞癌患者的分子 分型系统， 并通过多组学数据分析确定不同亚型食管鳞癌的 分子治疗靶点和生物标记物， 从而为针对食管鳞癌的个体治疗提供依据， 使广大患者从中 获益。 [0006]本发明通过对155例食管鳞癌患者的肿瘤组织和癌旁组织进行全基因组测序 (whole‑genome sequencing， WGS)、 全基因组亚硫酸盐测序(whole ‑genome bisulfite   sequencing， WGBS)、 RNA测序(RNA ‑seq)和小RNA测序(small  RNA‑seq)， 并对155例中的73例 样本进行了蛋白组分析。 本发明将所获得的多组学食管鳞癌分析数据整理并建立了目前中 国最大的食管鳞癌多组学数据库(ESCC  Genome and Epigenome  Atlas， ECGEA)， 并建立了 食管鳞癌的分子分型系统。 [0007]为建立食管鳞癌的分子分型系统， 首先通过共识聚类(consensus  clustering) [12， 13]用155例病例的单一平台数据产生初步的聚类分配(cluster  assignment)， 进而再 应用Cluster  of Cluster Assignments(COCA)聚类分析出了食管鳞癌的四类COCA亚型， C1‑C4(图1B， C)， 与临床TNM分期及淋巴结转移显著相关(图1D)。 同时本发明还鉴定了针对说　明　书 1/11 页 3 CN 115232877 A 3